Непосредствено до река Рилска, южно от манастирския комплекс се намират гробищната църква и костницата, поместени в една много солидна двуетажна постройка. Около нея са разположени гробовете на монаси, живяли през последните няколко десетилетия. Храмът "Въведение Богородично" е построен през 1795 г. и заема втория етаж. Негов ктитор е Самоковският митрополит Филотей. Представлява еднокорабна базилика с размери: 10 м. дължина, 4 м. ширина и 4 м. височина. Автор на стенописите в него е основателят на Самоковската иконописна школа Христо Димитров. Именно той тук за първи път в българското изкуство въвежда темата "Слизане на св. Богородица в ада". По стените изображенията са в два пояса: в горния ред са сцени от Новия Завет, а в долния - образите на светци-воини и преподобни. На долния етаж се помещава костницата. В нея се съхраняват тленните останки на починалите рилски монаси. Стените ѝ не са изписани. Градени са с камък и хоросан, и са с дебелина 1 м. Входът на костницата е зазидан поради опасност от поругаване.
