В непосредственной близости к реке Рилска, к югу от монастырского комплекса в весьма солидном двухэтажном здании расположены кладбищенская церковь и склеп. Около него находятся могилы монахов, живших здесь в последние несколько десятилетий. Церковь Введения во храм Пресвятой Богородицы возведена в 1795 г. и занимает второй этаж здания. Ее ктитор − Самоковский митрополит Филофей. Храм представляет собой однонефную базилику высотой 4 м и размерами 10 м в длину и 4 м в ширину. Автором стенописей в храме является основатель Самоковской школы живописи Христо Димитров. Именно здесь он впервые ввел в болгарское искусство тему «Сошествия Пресвятой Богородицы во ад». Изображения расположены на стенах в двух поясах – в верхнем ряду сцены из Нового завета, а в нижнем – образа святых-воинов и преподобных.
На нижнем этаже помещается склеп, в котором хранятся тленные останки почивших рильских монахов. Стены толщиной 1 м не расписаны, они воздвигнуты из камня и известкового раствора. Вход в склеп наглухо закрыт из-за опасности его осквернения.
